Les microbes sont des micro-organismes invisibles à l’œil nu, 100 à 10 000 fois plus petits qu’un grain de sable. Ils sont partout, présents dans tous les milieux, dans l’eau, sur terre et dans l’air, et aussi largement présents dans le corps humain, où ils constituent le microbiote.
Un danger pour la santé ?
Les microbes peuvent s’avérer particulièrement dangereux et provoquer de graves maladies. Il existe trois grandes familles principales de microbes : les bactéries qui se reproduisent seules, les virus, qui doivent trouver une cellule hôte pour se multiplier, et les champignons, dont les levures et les moisissures. Les microbes sont largement présents dans le corps humain. Ils constituent le microbiote sur la peau et dans l’intestin, ce dernier comptant autant de microbes que le corps humain contient de cellules.
Les microbes ont longtemps eu une connotation négative, avec la recrudescence d’intoxications alimentaires, de gastro-entérites, de mycoses, d’allergies, d’infections diverses dont le rhume, la grippe, les hépatites, la rougeole, la varicelle, l’herpès, le VIH, Ebola et plus récemment la Covid-19 et la variole du singe. L’émergence du virus SARS-CoV-2 a conduit à la mise en place de drastiques mesures d’hygiène, avec le risque pour la population de devenir plus sensible aux microbes pathogènes. Pourtant la majorité des microbes sont nécessaires au bon fonctionnement de l’organisme et jouent un rôle protecteur.
Les pouvoirs du microbiote
Les microbes s’avèrent indispensables. Ils sont utiles dans les processus environnementaux comme le cycle de l’azote. Ils permettent aux légumineuses d'assimiler l'azote de l'air, nécessaire à la constitution de leurs protéines. Une autre catégorie de microbes a rendu possible la vie grâce aux cyanobactéries. Ces dernières utilisent l'énergie solaire, assimilent le gaz carbonique et produisent de l'oxygène. Elles contribuent encore aujourd’hui à la limitation du CO2 dans l'atmosphère.
Contrairement aux idées reçues, les microbes sont aussi bénéfiques pour notre santé. Ils interviennent dans la digestion et l’assimilation des nutriments dans l’intestin grêle. Les fibres et autres nutriments arrivés intacts au niveau du côlon sont dégradés par les bactéries. Les changements de nos modes de vie, notamment l’alimentation industrielle transformée, modifient la flore intestinale et conduisent à l ’explosion des maladies chroniques, diabète, allergies, maladies inflammatoires de l’intestin, obésité, dépression, autisme, Alzheimer… Restaurer l’équilibre de l’écosystème intestin/microbiote est devenu un véritable enjeu.
Le microbiote en thérapie
La faune bactérienne est encore peu connue. Le microbiote est source d’applications industrielles en santé, ainsi que pour l’alimentation et la cosmétique, avec un marché mondial estimé à 60 milliards de dollars. Des bioprocédés innovants permettent la production de produits chimiques renouvelables à l'aide de microbes modifiés. Des thérapies bactériennes du microbiome de la peau et des muqueuses humaines sont développées contre les bactéries pathogènes. Certains traitements contre le cancer pourraient être modifiés par la composition du microbiote du patient : le microbiome impacterait la réponse à un traitement médicamenteux et son efficacité. L’analyse du microbiome pourrait permettre une stratification des patients et la surveillance de l’évolution de certaines maladies. La composition du microbiote de chaque individu orienterait les interventions thérapeutiques.
Il a ainsi été observé une association entre perte de diversité du microbiote intestinal et positivité à la Covid-19. Des études scientifiques portent dorénavant sur le développement de biomarqueurs issus du métabolisme des bactéries. Le microbiote présente le potentiel d’être utilisé comme biomarqueur prédictif, en cible thérapeutique ou en traitement alternatif.
