Un guide du crédit impôt recherche (CIR) est publié tous les ans par le Ministère de l’Enseignement Supérieur de la Recherche et de l’Innovation (MESRI). Ce guide, qui n’a pas de valeur légale ou règlementaire (et n’est donc pas opposable à l’administration), a pour but d’aider les utilisateurs du CIR, du crédit impôt innovation (CII) et du dispositif Jeune Entreprise Innovante (JEI) à préparer et sécuriser leur déclaration sur le plan de l’identification des activités éligibles, de la valorisation des postes de dépenses et de la constitution des dossiers justificatifs scientifiques et des dépenses associées. Ce guide explique aussi comment déposer un rescrit ou demander un agrément CIR et/ou CII, ainsi que les attentes des agents des services fiscaux et des experts scientifiques lors des contrôles.
Particulièrement attendu, ce guide avait fait l’objet en mai dernier d’une consultation publique (plus de 200 contributions). Selon les indications du MESRI, un bon nombre d’entre elles a pu être intégré dans le millésime 2020, et les autres points seront abordés dans les prochaines éditions.
Les principales modifications par rapport au guide CIR 2019 sont les suivantes :
- Clarification de la présentation de la recherche éligible (notamment concernant la recherche en architecture, l’éligibilité des études épidémiologiques en pharmacie humaine qui interviennent après la phase III à considérer au cas par cas, le cas particulier des prototypes de logiciel qui ne sont pas systématiquement associés à un travail de R&D).
- Précisions sur l’éligibilité des activités scientifiques dans le domaine de l’enseignement supérieur et de la recherche privée (notamment concernant l’importance de la présentation de l’activité de recherche de ces organismes et le format de justification de l’activité de recherche à différencier de l’activité d’enseignement).
- Précisions sur la nature de la R&D sous-traitée éligible et sur les éléments à fournir pour justifier cette dernière.
- Conseils pratiques à destination des entreprises pour constituer les dossiers qui leur sont demandés dans le cas des rescrits et des agréments.
De plus, trois versions du guide sont désormais proposées : le guide intégral, le Focus Contrôle et le Focus Agrément.
A noter que cette nouvelle version publiée le 27 novembre dernier ne prend pas en compte les arrêts rendus récemment par le Conseil d’Etat en matière de sous-traitance :
- Le guide du CIR 2020 indique « que les travaux sous-traités doivent correspondre à la réalisation de véritables opérations de R&D ». Or, selon la jurisprudence, lorsqu’une entreprise confie à un prestataire l’exécution de prestations nécessaires à la réalisation d’opérations R&D, les dépenses correspondantes peuvent être prises en compte dans la détermination de son CIR, quand bien même la prestation prise isolément pourrait ne pas constituer une opération de R&D.
- Le guide du CIR indique que « les sommes reçues par les organismes ou experts […] sont déduites pour le calcul de leur propre crédit d’impôt ». Or, selon la jurisprudence, les organismes de recherche privés agréés CIR peuvent exclure de la base de calcul de leur propre CIR les dépenses exposées pour réaliser des opérations de recherche pour le compte de tiers (sauf cas particuliers où la société donneuse d’ordre ne peut pas bénéficier elle-même de ce crédit d’impôt).
Enfin, si la distinction entre « sous-traitance de capacité » et « sous-traitance de spécialité » - qui avait fait l’objet de vives critiques lors de la consultation publique - a « disparu » dans cette nouvelle version, elle semble néanmoins demeurer puisque le guide prévoit encore que « La sous-traitance éligible au CIR doit répondre à un besoin de compétences et de moyens spécifiques pour réaliser une opération de R&D ».